Mitglieder der HRK sind der Kanton Aargau, das Land Baden-Württemberg, die Landkreise Waldshut und Lörrach, der Regionalverband Hochrhein-Bodensee, die Industrie- und Handelskammer Hochrhein, die aargauischen Planungsverbände Fricktal und Zurziebiet sowie insgesamt 51 aargauische und baden-württembergische Gemeinden. Daneben sind verschiedene Organisationen mit Beobachterstatus in die Hochrheinkommission eingebunden.
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